Durante un tiempo ejerció la profesión así como la docencia en varias universidades. Sin embargo, había una llamada de Dios desde niño que él siempre intentaba ocultar o postergar. Hasta que hubo un día que ya no pudo decir no, y fue a hablar con el obispo. Y fue enviado a Roma para ser sacerdote, gracias a las ayudas de la Fundación CARF, donde estudió en una primera etapa el bachiller de Teología, y en una segunda, la licenciatura.
A su vuelta a Ecuador, concretamente a la diócesis de Guayaquil, el padre Sojos ha ejercido importantes responsabilidades pastorales, tanto en el ámbito de la comunicación, como de profesor en el seminario. Además de haber estado destinado en distintas parroquias, actualmente es el rector de la catedral diocesana.
Don Francisco considera que la situación es complicada, con problemáticas presentes en toda Latinoamérica y también a nivel global. En los últimos años, se ha observado un aumento significativo de la violencia en Ecuador, alcanzando niveles preocupantes. Este fenómeno, que constituye un profundo problema moral, se entrelaza de manera inherente con el cuestionamiento de los fundamentos de la sociedad, dando lugar a pensamientos e ideologías destructivas.
En Ecuador hay mucha fe. «Miren, yo me paro cinco minutos en la puerta de entrada de la catedral en cualquier momento del día y, para mí, es una inyección de esperanza. ¿Por qué? Porque no para de entrar gente, nunca. No entran para perder el tiempo, sino que entran buscando la capilla del Santísimo, que siempre está llena. Entran buscando tener un momento de oración, para esperar la Santa Misa o buscando la confesión».
El 50 % de los católicos asiste a Misa todos los domingos. Una cifra muy alta, a pesar de los desafíos de secularización y el avance de grupos evangélicos. También se destaca un alto porcentaje de retorno de personas que, habiendo ingresado en sectas, vuelven a la Iglesia Católica al darse cuenta de que algo fallaba.
Don Francisco Sojos se sabe protegido por el Señor. Su mayor duda de fe duró apenas unos pocos segundos, a los 15 años, mientras leía el libro El Caballo de Troya. Le hizo dudar de si la Iglesia no ha sido fundada por Cristo. Inmediatamente, se dio cuenta de la "porquería" de libro que estaba leyendo y lo tiró a la basura. En su familia, de Misa dominical, nunca hubo dudas de fe y se vivía la religiosidad con naturalidad. Era parte de la vida cotidiana.
En cuanto al sacerdocio, su vocación estuvo presente desde siempre. Pero no se materializó hasta los 28 años, cuando decidió ingresar en el seminario. Durante siete años había estudiado Periodismo y Filosofía en la Universidad de Los Andes, de Chile. Y durante otros tres trabajó como profesor en diferentes universidades y realizando proyectos comunicativos propios. Cuando le venía a la cabeza el sacerdocio se decía «para más adelante, para después».
El llamado definitivo se produjo en un programa de televisión en Chile. Se encontró con un compañero de universidad que estudiaba para ser sacerdote. Éste le preguntó si no debería haber ingresado ya al seminario. Al volver a Ecuador habló con el obispo, y éste decidió que no ingresara en el seminario de Guayaquil, sino enviarle a Roma, para hacer todo el seminario en el Colegio Internacional Sedes Sapientiae y estudiar en la Universidad Pontificia de la Santa Cruz.
Para don Francisco, la experiencia en Roma fue maravillosa, conociendo la Iglesia, conociendo su profundidad Roma, seminaristas y sacerdotes de todo el mundo, con tantas formas de vivir con fidelidad el Evangelio. Esto le abre a uno el corazón y la mente para entender más profundamente el Evangelio y la misión de evangelizar. La formación en la Universidad Pontificia de la Santa Cruz le ha aportado un profundo amor a la doctrina y a la liturgia, transmitiéndole la importancia de no desviarse de la doctrina y de respetar la liturgia como un elemento que pertenece a la Iglesia, no al sacerdote.
«Espero que todavía no hayan llegado, sino que estén por venir. Vivir en el Evangelio significa vivir siempre esperando lo mejor. Si ya hubiera venido lo mejor, ¿entonces hacia dónde camino? Yo camino hacia el Cielo, por tanto, lo mejor ciertamente no ha llegado aún».
Cuando volvió de Roma como diácono, el obispo le encomendó enseguida la reconstrucción de una parroquia que estaba destruida. A los pocos meses le nombró portavoz de la archidiócesis de Guayaquil para llevar la comunicación y la relación con la prensa en un momento político muy conflictivo, en un choque entre el Gobierno y la Iglesia por la nueva Constitución.
Además, don Francisco Sojos ha sido director de Radio Católica Nacional, una etapa dura porque le tocaba estar a cargo de una parroquia y viajar a Quito, a la sede de la radio. Ida y vuelta en un mismo día.
Después de diez años en una parroquia de mucha actividad, desde hace poco tiempo, es el rector de la catedral de Guayaquil.
Qué necesita un sacerdote para no sucumbir a los peligros a los que se enfrenta hoy
En relación con los desafíos que enfrenta un sacerdote en la actualidad, destaca la importancia de tener buenos amigos sacerdotes para evitar el aislamiento y subraya la necesidad de la prudencia, una virtud que debe moderar la vida y prevenir los riesgos del mundo. Ante la crisis de la Iglesia, propone revertir la situación a través del amor a Cristo, destacando que ser un evangelizador implica hablar desde el amor personal a Dios. El que está enamorado de Cristo convence sobre lo que ama. Hablar del amor a Dios, en lugar de predicar sobre teorías, es la clave para ser un evangelizador convincente.